ERP项目在实施过程中的难点是业务流程的重组。ERP工程必须从企业的整体组织再造和业务流程、工作流程的设计优化方面进行改革。除去重叠的和无效的、耗费人力、物力、财力的机构和岗位设置，减少不必要的环节、层次，重新进行整合，从而确保企业有一个科学、规范的业务流程和管理基础，并在此基础上对企业组织机构进行相应的重组，实现组织扁平化、小型化、网络化管理，提高管理效率和对市场的快速反应能力。

企业业务流程重组是一项十分艰巨的任务，需要企业领导高度重视，更需要全体员工的配合支持，业务流程重组是ERP系统工程实施的基础，同时也是电子商务发展的基础。

ERP系统项目应用是一项高风险、高投入的工程，ERP项目实施的成功与否受企业内外环境等诸多条件的制约和影响，主要风险有设备选型风险、软件风险、硬件风险、安全风险、交易风险、网络技术风险等。特别要注意信息系统切换时可能出现的风险，切换成功与否直接影响着信息化实施的成败，关系着能不能战胜“混乱期”，规避陷阱问题，切换失败而导致中途停顿，将造成不可挽回的损失。切换前一定要做好收银员的试营业、收银试运行的操作测试和业务流程的测试，对测试运行中的问题，无论大小都不能忽视。切换时一定要严格程序，扣紧环节，规范化操作，标准化管理，这是最基础的工作。

看不到风险不行，害怕风险也不行，对风险必须有正确的认识和对策。机遇伴随着挑战，效益伴随着风险。搞企业信息化，上ERP、电子商务系统会给企业带来巨大的影响，能提升企业的核心竞争力，给企业带来巨大收益，同时在这一过程中，难免会遇到前所未有的风险。因此，对实施中的风险不仅要敢于正视它，更要清醒地认识它，争取最大限度地减少风险，使企业少受风险的侵害，使效益更加明显。