ERP项目上线后，澄西船厂在市场预测分析、加强财务管理、合理组织生产、资源优化配置、压缩生产周期、降低物料库存方面确实看到了一定的效益，但是问题也接踵而来。

由于Oracle电子商务套件对财务方面要求比较苛刻，其不仅仅是以财务核算为目的，更多的是以预算性、计划性为主，更强调计划与执行结果之间的匹配关系。但在企业实际经营、管理过程中，这种匹配很难达到理想状态，比如，澄西船厂最初上ERP时希望能够在项目完成时立即能够知道项目成本，但是，由于受客观条件限制却很难实现:首先，由于在管理机制方面，澄西船厂目前仍属国有独资企业，很多方面与先进的管理方法之间有所冲突;其次，澄西船厂没有能运用ERP系统对整个供应链管理中的各相关环节和企业资源实行有效的规划和控制，很多计划由于受上游合作伙伴限制很难按期完成。而这些问题的根源在于当时整个社会缺乏对准时生产、准时制造、供应链管理以及ERP理论的认识与理解。

因此，2001年，澄西船厂对ERP系统中的财务模块不得不进行重新选择，经过对比、筛选，澄西船厂选择了用友的财务软件，用于财务核算，其基础数据仍然由Oracle电子商务套件提供。

在生产制造模块中存在同样问题，由于Oracle电子商务套件的流程和业务模式已经相对成熟，而且固定，所以，澄西船厂采用了折衷的方法，通过手工与自主开发一些程序解决Oracle电子商务套件不能解决的问题，比如在生产过程中，加载工时、人力、材料成本等，以使管理更加深入、核算更加准确。

在人力资源方面，原有人力资源模块由于只是为了配合项目管理，所以所上模块比较简单，随着管理的不断深入，原有系统对于很多工作都不能完成，达不到深入管理的目的。因此，澄西船厂后来实施了宏景世纪公司的人力资源软件。澄西船厂信息中心主任孙友谊认为，Oracle的电子商务套件虽然“大而全”，但宏景世纪公司专业的人力资源软件“小而精”。

澄西船厂信息中心主任孙友谊说，这种更换现象很好理解，Oracle的电子商务套件是针对各个行业开发的通用软件，虽然成熟、完善，但并不是在每一个行业都非常适用，每一个行业都有其自己的特点，比如修造船行业与制造业相比，更侧重于对项目的分析与管理，基础数据相对要少得多，对基础数据的整理、分析、挖掘价值也远不如制造业企业大。而且项目一旦上线后，流程相对固定，不能随意改动，当现有功能不能满足企业需要时，企业就需要选择更加适合的软件搭配或者替换现有软件。

澄西船厂信息中心主任孙友谊介绍，从2001年至2005年，澄西船厂一直在对系统进行优化，并调整企业管理结构与管理方式，以使业务流程与ERP系统达到最佳匹配，从而提升ERP系统的应用效果。孙友谊强调，“在这一过程中，既有对企业业务流程的优化，也有对ERP系统的调整，其根本方向是向着更加科学、更加规范的管理方向发展。”