3、业务过程重构困难

业务过程重构(BPR)被认为是继全面质量管理运动后的第二次工商管理革命，这次管理革命的关键技术是重新融合被分离得支离破碎的企业流程。因此BPR被认为是对亚当·斯密(Adam Smith)分工理论的背叛。但是一个实施ERP的企业必须重构它的业务过程，从而与符合ERP思想和最佳实践的业务过程一致。业务过程的重构一方面与企业文化冲突，另外重构也因冲突受到抑制。因此中小企业能否有效地进行业务过程的重构是成功实施ERP的基本保证。

影响中小企业业务过程重构的关键因素有两个：一是企业自身进行重构的能力不足，业务过程重构需要时间、资金和领导层的持久力。二是企业的沟通能力不够，甚至认为只要下命令就行，不需要与员工进行沟通。但是，BPR是对企业目前的企业文化、结构和业务过程进行重新设计，如果企业员工没有充分了解BPR的目的，就会对今后自己的工作安排感到困惑，企业的高层领导和员工之间就不可能建立起信任感，这一切都将阻碍重构的进程。企业的管理者应当回答每一个员工的问题并且召开企业范围的会议来制定能让员工理解的策略。

还应注意的是，中小企业的长处是业务过程相对简单、反应速度快，没有理由因为实施了ERP系统而影响到它的弹性。很多中小企业进行了BPR、用了ERP系统之后业务过程变得复杂了，速度变慢了，这是错误的。进行BPR要因企业的情况而异，不是每个企业都一个做法。重构后的业务过程应当更简洁、反应更快，否则为什么要进行BRP呢、要应用ERP呢？

4、人员培训不足
ERP的实施离不开其主体——人，如果没有一支高素质的管理队伍，再先进的ERP也只能是空中楼阁。企业实施ERP过程中要对各层次人员进行不同的定向培训，中小企业常常因为资金等问题忽略培训的重要性，或者知识性培训多，缺乏对技术/技能的培训。
所谓技术/技能是指我们对知识的应用方法。想要有知识，必须去学习。然而，知识却不是技术，因为技术强调的是用。要会用，不但要先知道（知识），还更要练习（技术）。上ERP项目也一样，请了专家来讲课，使得有知识的人多了，不管他们的知识足不足，可是有技术的人极少。需要进行不断的培训与实践。
5、缺乏有效的项目管理
ERP系统的实施必然涉及到人们传统观念的转变、机制的转换、管理方法的改变、业务流程的重组、组织结构的调整、责权利的再分配、规章制度的建立健全、项目的可行性研究、项目的实施方法、软件的功能、软件和实施服务商的服务水平等一系列实际问题。从而使整个项目实施应用具有涉及面广、难度大、周期长、系统复杂等特点。
中小企业在ERP实施过程中，由于企业本身人员的技术水平和项目管理经验缺乏，常常造成工程投资突破预算，工期超过预定时间，工程质量差，难以建立必要、有效的沟通机制、项目管理混乱等问题的出现。而最关键的问题是缺乏一个现实的实施计划和控制措施。如果计划完成的时间很短、不现实，在压力下实施小组匆忙行事，结果是软件安装完成了，其它都不到位。反之，如果实施周期拖得太长，人们会对实施ERP失去信心，使得士气低落、阻力加大。
另外，通过定期召开项目进度会议，让每个项目人员汇报项目进度和问题，以此来评估ERP项目进度的方法是不恰当的。其实，选择一个合适的项目负责人更重要。在ERP项目规划、实施中引入工程监理也是一种有效的方式。