实施上线过程
根据前期的规划与调研，同济堂ERP项目共分为二期，第一期包含应收管理子系统、应付管理子系统、自动分录子系统、会计总帐子系统、存货管理系统、采购管理系统、销售管理系统、资产管理系统、工作流等模块，主要解决销售、采购、库存、财务数据的准确性、及时性、共享性等问题以及各业务单据、报销凭证走网上审批流程，实现无纸化办公。第二期则包含产品结构管理、工艺管理等其他模块，实现生产、成本、计划等方面的全面管理。
2006年6月同济堂ERP项目一期正式开始实施，在本项目的实施中，同济堂全体人员极为重视，除了副总徐谦任组长，信息中心主任罗静平任项目经理外，各相关业务部门的负责人、业务骨干均纳入项目实施小组。做到各司其职，却又相互配合，ERP项目实施成败直接与业绩考核挂钩，充分调动了各部门实施和推进ERP的积极性。
ERP项目中前期的调研和咨询是整个实施中尤其重要的程序，在实施初期神州数码顾问与信息中心技术人员深入到每一个部门进行调研，详细了解同济堂的需求和问题，提出有针对性地解决方案。首先是库存、批号的管理问题，同济堂的库存物资不算多，但因其行业特性对各种中成药、中草药、包装材料都有严格的批号管理，在原来手工方式下，批号易出现人为错误，批号库存不清的问题一直困扰着同济堂。其次是销售数据的统计，同济堂营销网络遍布全国，信息分散无法共享和集成、信息传递方式落后，总部总是不能及时了解各地办事处销售及库存情况，因此错失商机时有发生。再次财务数据与业务数据核对困难，同济堂使用了一套单独的财务软件，每月出报表可以，但没有与业务单位集成，造成每月财务部门要花大量精力与业务部门进行对账，数据量小时还可以完成，如今数据量大了，这几乎已经成了一项不可能完成的任务。 经过调研，双方一致认为当前主要应解决数据的集成性、及时性、准确性三大问题。
在经过前期调研和方案确定后，双方的行动方案和目标更加明确。从流程整理、基础数据准备、培训、二次开发、模拟运行、正式上线一路走来，虽然中途也经历过挫折、神州数码和同济堂的项目组也曾为一个问题的解决方法反复修改过或激烈的争论过，但这些都无法阻止同济堂ERP系统得成功上线，因为双方都知道ERP系统的实施绝不是将企业现有的管理方式照搬到系统上去，ERP系统的实施必将给企业注入新的管理思想，带来管理上的变革。
ERP带来的效果
2006年10月同济堂ERP项目一期正式上线，历时4个月时间，实现了进销存业务与财务的一体化管理，进销存及应收、应付业务凭证完全通过自动生成，无需手工录入。每月只要财务作完凭证，系统可以自动核对，方便快捷，使财务人员和业务人员有更多得时间投入到业务研究和管理中，从而提高了自身的业务水平。
在库存管理方面，批号库存准确率达到98%，库存周转率大幅提高，大大缓解了物资积压的状况，盘活了企业资金。
在销售管理方面，同济堂各办事处的销售数据能及时地进入系统，各种销售分析数据如订单利润分析表、客户销货明细表在销售业务发生的当天就能反应出来，为企业的快速决策提供依据。
展望信息化未来
同济堂ERP二期项目将于2007年2月正式启动，同济堂将实现采购、生产、销售、财务、质检等方面的全面管理，各单位数据将完全共享、相关的业务流程全部通过网上处理。不仅如此，目前同济堂DCS系统正在实施，实施完毕后，将和易飞的工单\委外系统进行集成。届时，同济堂的信息化建设将深入到企业的每一个角落，这必将使同济堂这家百年老字号在进入二十一世纪后，以信息化为企业管理做支撑，挺立于市场的潮头。