信息安全，一般是指在信息采集、存储、处理、传播和运用过程中，信息的自由性、秘密性、完整性、共享性等都能得到良好保护的一种状态。信息安全传输是指在网络上传递的信息没有被故意或偶然地非法授权泄漏、更改、破坏或是信息被非法系统辨认、控制，使网络信息的保密性、完整性、可用性、可控性得到良好的保护状态。

电子商务的安全问题包括通信网络运行的安全、商业文书的信息安全、互联网上支付的安全性等。电子商务通信网络运行安全是要求通信网络、通信设备和网控网管系统的安全。商业文书的信息安全是要保证电子商业文书信息的规范性、完整性、不可篡改性、不可否定性以及不可泄密性和合法性。互联网上支付的安全性也是电子商务安全重要内容，既要保证在线支付万无一失、及时准确，还要保证商品的传递和运送的安全性，要保证消费者订购的物品按时、保质、保量送达指定的地点。

在我国，企业信息化程度还较低，大多数企业网站还没有走入B2B应用层次。另外，技术上缺乏电子商务的统一标准和服务体系，中介组织没有权威性和代表性等问题都使电子商务的发展受到影响。中国电子商务在其发展过程中遇到的一些困惑和问题，主要是由于人们对于电子商务的认识、要求和现有的市场机制等难以跟上网络经济前进步伐所导致，上述问题如不能及时有效地加以解决，势必影响企业间电子商务的发展。