不确定性管理涉及规划、决策制定、实施和监控，以保证日常操作能够提供有效果的和有效率的预计结果。在电子商务领域，需要管理的主要不确定性包括：

·消费者的信心。电子商务获得成功的一个主要障碍是消费者对安全性和个人隐私安全缺乏信心。获得网站上的独立的许可密封有助于管理这一不确定性。现在有很多企业可以提供这样的许可密封；·与广告商的关系。随着网站的成熟，互联网广告在保证合适的客户访问正确的网站方面变的越来越重要。由于互联网上的广告费用持续增长，网站也逐渐需要将单独核实的预计购买的观众数量和通信量统计数字提供给广告商，这样他们会自信他们的钱花得明智；·改变流程。研究表明，企业进行明显修改的流程很少能够完全成功，而许多都是一败涂地。因此通过成功建立正确的企业驱动程序来管理修改程序自身的风险就成为关键。这些驱动程序包括设置正确的项目管理程序、结构和技术，也要建立正确的程序文化（通过高级管理层给团队的信号）并保证企业的所有部门都是团结一致的；