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高性能计算:戴尔PowerEdge服务器实践


    高性价比


    在结构生物学领域清华大学走在了科技的最前沿。清华生命学院决定采用戴尔高性能计算群集方案(HPCC-High Performance Computing Cluster)为结构生物学研究提供一个更为高效的研究平台,创造更为良好的研究环境。


    2010年初,清华生命学院经过广泛考察、慎重选型、反复测算最终决定引进1套大规模的44计算节点的戴尔HPCC系统,该系统由”计算节点“、”管理节点I/O节点“、”存储后台“”计算与管理网络“4个主要部分构成:其中HPCC系统的计算节点由11台戴尔PowerEdgeTM C6100机架式服务器担任,每台C6100机箱内配置有4台刀片服务器,每台刀片配置了两颗2.4GHz英特尔R至强R5645 六核处理器、24GB内存(6x4GB)、1块3.5英寸7.2K RPM SATAII硬盘,2块Broadcom 10/100/1000Mbps 自适应以太网卡(支持TOE offload 引擎技术)


    ”戴尔C6100服务器+Infiniband网络“为核心的HPCC系统于2010年3月完成组装和调试,目前已运行了1年多的时间,整体运行状况非常平稳。清华大学生命学院崔野老师是这套HPCC系统的主要管理者,他对系统的表现给予了充分的肯定。崔野老师介绍说:”目前,生命学院结构生物研究的主要计算任务均由这套HPCC系统来完成。该系统的上线,有效地保障了我们在大分子研究方面的计算效率,与传统的机架式服务器组成的HPCC相比,采用戴尔C6100服务器我们可以节省50%的空间,节省30%以上的电力消耗,这可以让我们的运营成本得到有效的控制。“


    崔野老师接着介绍说:"从实际效果看,戴尔HPCC运行稳定,数据处理速度很快,完全能够满足我们开展大规模科学计算的要求。我们当前工作的重点是利用HPCC系统进行大分子蛋白质结构的研究计算,这种研究时效性强,紧迫性高,任务繁重,要求HPCC系统必须具有超强的计算能力,而戴尔HPCC的浮点运算速度峰值可以达到每秒五万亿次(5TFLOPS),我们对这样的计算能力感到十分满意。此外从发展的角度来看,戴尔HPCC系统的高效性为日后结构生物学研究工作的深入打下了非常扎实的基础。"
 

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